南京健友公司成立于2000年，前身為南京第二生物化學制藥廠。是中國早期從事肝素提取純化和開發肝素類粘多糖產品結構確認方法的制藥企業之一，至今已從事肝素產品的生產超過20年。2008年公司被認定為國家高新技術企業， 2012年評為江蘇省粘多糖類生化藥物工程技術研究中心，2013年獲江蘇省企業技術中心稱號，2014年被省發改委認定為省級工程中心。公司長期擔任中國醫藥保健品進出口商會肝素鈉分會理事長單位。公司在南京高新區投資五億元，構建全亞洲產能領先的高速生產線，建設亞洲為數不多的帶隔離器的高端生產線，實現廠房模塊化擴展性，建設中國率先通過FDA生產質量標準的無菌制劑生產線，代表我國行業的高端水平。同時也打破中國藥廠無菌制劑在美國市場銷售的瓶頸。

公司已取得《中華人民共和國藥品生產許可證書》、《中華人民共和國藥品GMP證書》、歐盟CEP證書和日本PMDA認證，連續三年通過美國FDA驗證，并且是國內少數同時通過美國FDA和歐盟CEP認證的制藥企業之一。是國內較早從事肝素提取純化，也是國內重要的肝素產品生產企業。

公司建有江蘇省粘多糖類生化藥物工程技術研究中心，為南京市企業技術中心。公司與中國藥科大學、山東大學國家糖工程技術研究中心、美國Sagent、臺灣神隆等多家高校與企業密切合作，組建了香港健友粘多糖技術研究中心，充分利用公司在新藥臨床研究方面現有的人才及資金優勢，專門從事新藥臨床研究，積極推動科技成果轉化進程。